Kritik gab es beispielsweise für die Leibniz- oder Helmholtz-Gemeinschaft sowie die bundeseigenen Ressortforschungseinrichtungen. Zwar bekommen diese Institute jährlich über 4 Milliarden Euro Forschungsgelder zugewiesen, doch die EFI moniert die fehlende Strategie, wie diese Mittel eingesetzt werden. Der Wissenschaftsrat hatte bereits ermuntert, mehr Drittmittel zu akquirieren und eine verstärkt leistungs- und projektbezogene Finanzierung der Einrichtungen gefordert.

Die Forschungsexperten schlagen außerdem eine steuerliche Förderung von Forschung und Entwicklung (FuE) vor. Im Gegensatz zum Gros der OECD-Länder verzichtet Deutschland bislang auf eine steuerliche FuE-Förderung. Angesichts der momentan angespannten Haushaltslage sollte die Förderung zunächst auf kleine und mittlere Unternehmen beschränkt werden. Begleitend hierzu sollte zudem ein öffentlicher Fonds eingerichtet werden, der die Unternehmen dabei unterstützt, ihre Forschungsergebnisse zur Marktreife zu bringen. Denn insbesondere angesichts der aktuellen Krise mangelt es vielen deutschen Unternehmen an Eigenkapital für die Umsetzung ihrer Ideen.