Während B7 immer als unproblematisch galt, war es von vornherein bekannt, dass die Erhöhung des Ethanolanteiles im Superbenzin bei älteren Fahrzeugen zu Problemen führen könnte, da Ethanol einige im Kraftstoffsystem eingesetzte Kunststoffe angreift. Die betroffenen Fahrzeuge hätten nach Plan ab 2009 mit dem teureren Super Plus betankt werden müssen, dessen Ethanolgehalt nicht erhöht werden sollte.

Es hat sich nun aber gezeigt, dass das Ausmaß dieses Problems von der Politik unterschätzt worden war. Zwar hatten Tests der deutschen Automobilhersteller ergeben, dass lediglich 189.000 der insgesamt knapp 21 Millionen zugelassenen Benziner aus deutscher Produktion nicht mit E10 betrieben werden können. Doch die Zahlen der Importeure übertrafen alle Befürchtungen: Knapp 3,3 Millionen Fahrzeuge ausländischer Hersteller hätten in Zukunft mit Super Plus betrieben werden müssen.

Doch die heutigen Biokraftstoffe stehen auch unabhängig von diesen Problemen unter erheblichem Druck. Die Diskussion über die Konkurrenz mit der Nahrungsmittelproduktion und die überschaubaren ökologischen Vorteile von Ethanol und Biodiesel gegenüber fossilen Kraftstoffen machen die Zukunft dieser Kraftstoffe sehr ungewiss. Es dürfte inzwischen außer Frage stehen, dass sie nur eine Brückentechnologie auf dem Weg zu den sogenannten Biokraftstoffen der zweiten Generation darstellen können.

Hierunter sind vor allem Designerkraftstoffe zu verstehen, die unter Verwendung der Fischer-Tropsch-Synthese aus jeglicher Pflanzenmasse gewonnen werden können. Unter Verwendung dieser Verfahren können Kraftstoffe erzeugt werden, die bis zu 90 Prozent der Treibhausgasemissionen von fossilen Kraftstoffen vermeiden und damit eine deutlich bessere Umweltbilanz erreichen als die heutigen Biokraftstoffe. Auch der Ertrag an Kraftstoff je eingesetzten Hektar Fläche liegt bis zu dreimal so hoch wie bei den heutigen Biokraftstoffen. Diese Kombination lässt erwarten, dass den Biokraftstoffen der zweiten Generation eine bessere Zukunft bevorsteht, als den heutigen Varianten. Prognosen räumen ihnen einen Marktanteil von bis zu 25 Prozent im Jahr 2020 ein.